1800'lü yıllarda Rumca “güzel manzara”anlamına gelen "Kalitthea" adıyla bilinen bu bölge, yalıların ortasında konumlanıyordu. Ancak, zaman içinde salgın hastalıkların getirdiği önlemler doğrultusunda Karantina İskelesi olarak anılmaya başlandı.
18. yüzyılın ortalarında Avrupa ve Asya'da yayılan veba ve kolera gibi salgın hastalıklar, şehirlerin yanı sıra deniz ticaretinde de büyük tehdit oluşturdu. Gemilerle taşınan bu hastalıklar, ülkeler arasında hızlıca yayıldı. Bu duruma çözüm bulmak amacıyla, Avrupa ülkeleri limanlarına gelen gemileri 40 gün boyunca açık denizde bekletme uygulamasını benimsedi. Bu uygulama, İtalyanca “quarentina” sözcüğünden dilimize geçen "karantina" sözcüğü ile anılmaya başladı.
Hamidiye Camisi'nin yanında bulunan tahta iskeleye yanaşan gemiler, burada kontrol ediliyor ve gerekirse personel, küçük karantina hastanesine alınıyordu.
Cumhuriyetin ilk yıllarında 1. ve 2. Karantina olarak anılan semtlerin adları, 1937'de İzmir Belediye Meclisi kararıyla değiştirildi. Rum Karantina olarak bilinen 2. Karantina, Murat Reis Mahallesi; İslam Karantina olarak bilinen 1. Karantina ise Mithatpaşa Mahallesi adını aldı. Bu bölgeye ayrıca Küçükyalı ismi verildi.
Günümüzde ise İzmir Büyükşehir Belediyesi'ne ait İZDENİZ gemileri, 2018 yılından beri Karantina İskelesi'nden Körfez içi ulaşım sağlıyor. Hafta içi her gün 08.10, 17.25 ve 18.25 saatlerinde Karşıyaka seferlerine çıkan gemiler, Karantina İskelesi'ni nostaljik bir durak haline getiriyor.
